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微波杀菌机正是利用电磁场效应和生物效应起到对微生物杀灭作用的设备。在微波高频变化的磁场中，也能杀死产品中的虫卵。微波对细菌膜断面的电位分布影响细胞膜周围电子和离子浓度，从而改变细胞膜的通透性能，细菌因此营养不良，不能正常新陈代谢，生长发育受阻碍死亡。灌装好食品，用微波加热5-6分钟。微波加热到物料中心温度60—68℃就能杀死大部分的细菌。因微波杀菌机加热杀菌是从物料内部开始作用，比传统的高温消毒，巴氏灭菌由外到内的热传导方式迅速，彻底。
用微波杀菌机处理的食品细菌指数可完全达到食品卫生标准。